體型區別：相同年齡的麝香龜可以從體型方面區分公母，母龜的體型比公龜大。尾巴區別：公龜和母龜的尾巴大小有差異，公龜的尾巴粗大，母龜的則比較短小。腹甲區別：還可以觀察一下它們的腹甲，公龜的腹甲上會有明顯凹陷進去的部分，母龜的則沒有。生殖孔區別：公龜的生殖孔形狀是方形，而母龜的則是圓形的。
1、體型區別：首先，區分麝香龜的公母可以從體型方面入手區分。當麝香龜還比較小的時候，基本沒法區分。在長大一些之後，就可以從這個方面來區分了。對於年齡相同的麝香龜來說，母龜的體型相對來說都是比較大的，公龜的體型較小。若是麝香龜都成年了，則更容易從體型方面分辨出來。
2、尾巴區別：區分麝香龜的公母還可以從它們的尾巴的大小來區分。一般來說，公龜的尾巴都是又粗又大的，也比較長；母龜的尾巴則看起來比較短小。
3、腹甲區別：公龜和母龜的腹甲也是有差異的。觀察一下它們的腹甲，若是公龜的話則會有比較明顯的部分凹陷進去，若是母龜的話則沒有凹陷。
4、生殖孔形狀區別：還可以從它們生殖孔的形狀來加以區分。公龜的生殖孔形狀看起來是方形的，而母龜的則是圓形的。有時候生殖孔的位置也有差異，母龜的生殖孔距離腹甲比較近。
在麝香龜年齡還比較小的時候，公龜和母龜之間的區別特徵是不太明顯的，不容易區分。尤其是在它們剛出生的時候，更不容易區別公母。一般來說，至少要養殖2-3年才可以看出公母。若是想明確地區分公母，則最好在它們進入性成熟階段或成年之後，這樣它們的性別特徵會更加明顯。
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