看背甲：背甲看起來比較長但比較窄的是公龜，看起來比較短但比較寬的是母龜。看體型：若是石金錢龜成年了，可以通過其體型來分辨，體型較大的是母龜。看尾巴：公龜的尾巴是比較長的，母龜的尾巴則比較短。看腹甲：公龜的腹甲上有凹陷，母龜沒有；公龜腹甲上的肛盾會比母龜的深一些。
一般來說，太小的石金錢龜還無法區分公母。在它們長大一些，也就是過了幼龜階段之後，則可以通過以下幾個方面來區分公母：
1、看背甲形狀：公龜和母龜的背甲形狀是不同的，可以觀察一下。若是背甲看起來比較長，但比較窄的是公龜；母龜的背甲形狀則正好相反，它們的背甲看起來比較短，但比較寬。
2、看體型：若是石金錢龜的年齡差不多，而且已經成年了，則可以通過它們的體型來判斷。一般來說，母龜的體型會稍微大一些。
3、看尾巴：公龜和母龜的尾巴差異也是比較大的，可以觀察它們的尾巴。尾巴的基部比較粗，而且尾巴整體比較長的話，則是公龜；母龜的尾巴基部細，而且整體比較短。
4、看腹甲：公龜和母龜的腹甲也有區別。公龜的腹部上有凹陷的部分，母龜的則沒有。另外，公龜的腹甲上的肛盾會相對深一些，更容易觀察到。
石金錢龜的公龜和母龜可以放在一起養，若是精心養護的話一般不會有危害。有兩個問題需要注意。第一是空間問題，公母混養的話需要準備一個大一些的容器，空間要足夠大才行。另外，為了避免它們因為搶食而打架，需要給它們準備充足的食物，必要的話需要給它們合理分配。
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