若是鼠魚還沒有成年的話，那麼比較難區分公母。在成年之後，可以通過以下幾個方面區分。首先是體型，母魚的體型是比較大而且胖的，公魚的體型則是纖細的。其次是外觀，公魚的腹鰭比較尖銳，母魚的則是比較圓；在繁殖期，可以看它們的腹部，腹部膨脹的是母魚。對於一些特殊的品種，還可以通過它們的顏色來區分。
鼠魚在剛出生還沒有長大的時候，體型、外觀都是差不多的，不太容易區分。在它們成年之後，可以通過以下幾個方面來區分：
1、體型：首先，公母之間體型是有差別的。母魚在成年之後，它們的體型會比較大，而且比較胖。公魚在成年之後，它們的體型則是比較纖細的，看起來會比公魚小一些。不過，若是不同批次的鼠魚，那麼從這個方面區分就比較困難了。
2、外觀：另外，還可以通過它們的外觀方面來區分。首先是它們的腹鰭，若是公魚，那麼它們的腹鰭會比較尖銳；若是母魚，它們的腹鰭則比較圓。不過，從這個方面區分需要在它們的腹鰭沒有磨損的前提下進行。再者是它們的腹部。在繁殖期的時候，母魚的腹部會比較膨大，有時候比較容易觀察到。
3、顏色：對於一些特殊的鼠魚品種，可以從它們的顏色方面來區分。比如潘塔納爾鼠魚，母魚的顏色比較單一，公魚的顏色比較鮮豔，具有好看的花紋。
鼠魚公母混養是沒有問題的，一般來說它們不會起衝突，而且習性特點也比較一致，可以放在一起養。況且，在它們成年之前也很難區分公母，只能放在一起養。
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