腹甲區別：可以觀察一下鱷龜的腹甲，看看上面有沒有凹陷的痕跡。有的話是公龜，若是腹甲平坦、光滑，沒有凹陷，則是母龜。尾巴區別：公龜和母龜的尾巴有區別。公龜的尾巴很長，也很粗大，母龜的則正好相反。排洩孔區別：母龜的排洩孔是圓形的，而且距離腹甲比較近；公龜的排洩孔比較細長，且距離腹甲比較遠。
鱷龜在年齡很小，尤其是處於幼龜階段的時候，是無法區分公母的，因為此時公母的區別特徵還不顯著。至少要在它們的身體長度長到30釐米左右的時候，可以區分出公母。具體來說可以從以下三個方面入手來區分：
1、腹甲區別：公龜和母龜的腹甲有很大的差異。可以觀察一下它們的腹甲上，若是有明顯的凹陷痕跡，那麼就是公龜。若是看起來比較平坦、光滑的話，那麼就是母龜。
2、尾巴區別：公龜和母龜的尾巴也有很大的區別。可以觀察它們尾巴的大小，公龜的尾巴一般會比較長，而且比較粗大。而母龜則正好相反，比較短，也比較細小。
3、排洩孔區別：首先是它們排洩孔形狀的區別，母龜的排洩孔是圓形的，公龜的排洩孔則是細長的，很容易觀察到差異。另外，排洩孔跟腹甲的距離也是有差異的。公龜的排洩孔距離腹甲是比較遠的，母龜的排洩孔距腹甲則比較近。
在鱷龜的年齡還比較小的時候，可以將公龜和母龜放在一起養。不過，在它們都成年，體型比較大了之後，最好不要放在一起養。一來它們的體型比較大，放在一起的話需要一個非常大的容器，不然空間就會不足，不利於它們的生長髮育。另外，在成年之後它們的性格是比較活潑的，有時候會非常凶，若是一直放在一起養，它們很容易打架。
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