黃喉擬水龜分辨公母的方法主要是看外表。一般來說，先看它們的腹部，雄龜中間要凹陷一些；其次雄龜體型要比雌龜大一些，尾巴也更加長一點，而雌龜尾巴比較短小。再看洩殖孔，雄龜的洩殖孔離著腹部的後邊緣部分要遠一點，形狀近似長方形，而雌龜則不太相同，形狀近似圓形。
黃喉擬水龜主要通過外表來進行性別分辨。從體型上來看，雄龜的體型要大一些，並且背甲也比較長，而雌龜的體型略小一些，背甲比較圓比較寬。從前爪來看，雄龜前爪比較長，而雌龜則比較小。而從腹部來看，由於生殖需要，雄龜一般會有凹陷，而雌龜的腹部則十分平坦。
從尾巴處觀察，雄龜的尾巴比較長，根部粗壯，而雌龜的尾巴看上去就比較短小。最後兩者的洩殖孔也有不同，雄龜的洩殖孔離腹部的後面的邊緣處比較遠，呈長條形，而雌龜則距離邊緣處比較近，形狀近似圓形。
黃喉擬水龜的髮色受到很多因素的制約，分為先天和後天。一般來說似乎公龜更容易一點，但具體還是要看養殖情況。除去先天基因為影響，如果想讓黃喉擬水龜容易髮色，可以在養殖過程中發多餵養一些蝦一類的餌料，蝦是比較天然的髮色飼料。同時也需要讓它多晒太陽。餌料和光照是決定髮色程度的比較關鍵的因素，其次就是多加註意一些疾病，要及時進行治療。
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