科屬區別：棒花魚屬於鯉形目鯉科，蝦虎魚則屬於鱸形目蝦虎魚科。魚鰭區別：棒花魚的背鰭發達，蝦虎魚則具有特殊的脊鰭。生活環境區別：棒花魚生活在淡水中，在中國、日本、朝鮮分佈廣泛，蝦虎魚則主要生活在熱帶和亞熱帶的海域中。壽命區別：相比之下，蝦虎魚的壽命要更短一些。
棒花魚和蝦虎魚都是魚類之中比較有名的。有些人認為二者是相同的，但其實這是一種錯誤的觀點，棒花魚和蝦虎魚並不是一樣的。實際上，二者的差別是非常大的，它們的類別差異就比較大，所屬的目和科都是不同的，說明二者也並沒有很近的親緣關係。另外，從外觀特徵以及生活習性、壽命等方面來看，棒花魚和蝦虎魚也有不小的差異，因此不能將二者混同。
1、科屬區別：上文已經介紹過，棒花魚和蝦虎魚的類別差異比較大，前者是鯉形目鯉科的，後者則是鱸形目蝦虎魚科的，可見差異十分顯著，親緣關係也並不近。
2、魚鰭區別：從外觀來看，棒花魚和蝦虎魚比較明顯的一個差異就體現在它們的魚鰭上。棒花魚的一個重要特徵就是它們的背鰭十分發達，是弧形的；而蝦虎魚的一個重要特徵是它們有脊鰭。
3、生活環境區別：棒花魚和蝦虎魚的生活環境也不同。棒花魚屬於淡水魚，喜歡生活在江河湖泊的底部，在我國淡水之中的分佈範圍十分廣泛，在南方以及北方的水系之中都有，另外在日本和中國也有分佈。而蝦虎魚則是生活在海洋中的，尤其在熱帶和亞熱帶海域中的分佈廣泛，只有少部分可以適應淡水中的環境。
4、壽命區別：棒花魚和蝦虎魚的壽命也有差異。蝦虎魚壽命比較短，有的只能活兩個月左右，而棒花魚的壽命相對來說長一些。
5、別稱區別：棒花魚和蝦虎魚具有不同的別稱。前者別稱有“爬虎魚”、“沙錘”等，後者別稱有“鰕虎魚”等。
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