羅漢魚的品種也非常繁多，主要有以下幾類：金花羅漢魚、珍珠羅漢魚、馬騮羅漢魚、德薩斯羅漢魚、花角羅漢魚等等。不同品種的羅漢魚有不同的特點，但對養殖環境的要求並沒有太大的區別。目前市場上賣的羅漢魚一般來說都是雜交併且改良過的，含有多種血統。
1、金花羅漢魚：這個品種的羅漢魚出現的時間是比較早的。不過，這個品種的穩定性是比較差的，也就是在這個品系中的諸多品種之間都具有非常大的差異。一般來說，它們的頭看起來都有向前探的傾向，眼睛以白色和金色為主。這個品系中包含紅金花羅漢魚、太陽金花羅漢魚等等。
2、珍珠羅漢魚：這個品系是市場中比較常見的一種，基因的穩定性是比較好的。而且，這個品系中的大部分繁殖都比較容易，而且也容易改良。這個品系的羅漢魚頭部一般是上揚的，有紅眼圈，眼睛是向外凸出的。這個品系中包括白化珍珠羅漢魚、無斑珍珠羅漢魚等等。
3、馬騮羅漢魚：這個品系最早的時候是在馬萊出現的。這個品系中的品種都比較稀少，因而它的價格也是比較高的。它的眼圈也是紅色的，背鰭一般是不拉絲的，身體比較方正。這個品系中的品種諸如經典馬騮羅漢魚、原始馬騮羅漢魚等等。
4、德薩斯羅漢魚：這個品系也是經過改良的，它的基因比較好，外觀也比較好看。它的長度一般是在20-30釐米之間，身體比較扁，頭部比較低。這個品系中包含的品種有黃金德薩斯羅漢魚、紫色德薩斯羅漢魚等等。
5、花角羅漢魚：簡稱“花羅漢”。它的眼睛微凹，眼睛一般是白色、紅色或者橙色的。這個品種的羅漢魚性情都是比較凶的，包括花財神、花和尚羅漢等品種。
羅漢魚含有諸多品系，而且不同的品系中又包含不同的品種。不同的品種各有特點，無法判斷哪個最好。根據不同的標準判定，對於哪個品種最好這個問題的回答也是不一樣的。比如，若是說最貴的一個品種，那麼自然是馬騮羅漢魚。
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