科屬區別：馬頭魚屬於鱸形目方頭魚科方頭魚屬，馬面魚則屬於魨形目單角魨科馬面魨屬。頭部區別：馬頭魚的頭部要更方一些，馬面魚的頭部則更大一些。顏色區別：馬頭魚的顏色有些類似於紅色，馬面魚的顏色則是藍灰色。分佈水域區別：馬頭魚主要生活在亞洲地區，馬面魚在亞洲和非洲都有分佈。
馬頭魚和馬面魚的名字是比較接近的，比較容易混淆。但二者其實並不是同一種魚，而是差異比較大的兩種魚。從類別來看，馬頭魚和馬面魚所屬的目並不相同，科和屬自然也不同，所以差異還是比較大的，不能將它們混淆。在外觀、分佈等多個方面，也可以發現二者的不同之處，所以，要區分二者並不是特別困難，不能將它們混淆。
1、科屬區別：上文已經介紹過，馬頭魚和馬面魚所屬的目不同，因而目下的科和屬自然也都是不同的。具體來看，馬頭魚屬於鱸形目方頭魚科方頭魚屬，馬面魚屬於魨形目單角魨科馬面魨屬。可以看出，二者之間的差異還是比較大的。
2、頭部區別：從外觀來看，馬頭魚和馬面魚的頭部形狀是它們重要的差異之一。總體來看，馬頭魚的頭部形狀最大的特徵就是它們的頭部是方形的，因此它們還有“方頭魚”這個別名。而馬面魚最大的特徵就是它們的頭部非常大，占身體的比例也大。
3、顏色區別：馬頭魚和馬面魚的顏色也是有區別的。馬頭魚的背部顏色類似紅色，而馬面魚的背部顏色是藍灰色的。
4、分佈水域區別：馬頭魚和馬面魚具體分佈的水域是不同的。馬頭魚生活在我國、菲律賓、朝鮮、日本等國家，馬面魚不僅生活在亞洲，而且還生活在印度洋周邊、非洲的東岸。
5、別稱區別：馬頭魚和馬面魚還有其它的名稱。馬頭魚別名除了上面提到過的“方頭魚”外，還有“瓦刀魚”、“紅馬”等。馬面魚的學名叫做“綠鰭馬面魨”，別名還有“橡皮魚”、“麵包魚”等。
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