科屬區別：馬林魚是旗魚科的，但金槍魚則是鯖科的。速度區別：馬林魚和金槍魚的游泳速度都很快，但是馬林魚的游泳速度更快，很少有魚類能破它們的記錄。魚鰭區別：馬林魚的魚鰭更發達，實際上它們的別稱“旗魚”就是因其背鰭得名的。金槍魚的魚鰭則沒有這麼發達。
馬林魚和金槍魚都生活在海洋之中，都是硬骨魚綱中的魚類，也就是說它們都是硬骨魚，它們也都屬於鱸形目。不過，二者並不是同一種魚，不能因為它們有一些地方相似就將二者混淆。事實上，二者之間的差別還是比較大的，可以從許多方面將它們區分開來。
1、科屬區別：馬林魚和金槍魚雖然同屬硬骨魚綱和鱸形目，不過它們所屬的科和屬是不同的，這決定了它們是完全不同的兩種魚類。具體來說，馬林魚屬於旗魚科，金槍魚則屬於鯖科、金槍魚屬。
2、速度區別：馬林魚和金槍魚都生活在海洋之中，它們的速度都算比較快的。不過，二者相比還是馬林魚的速度更快一些。金槍魚的平均時速是在60-80千米，馬林魚則普遍快一些。馬林魚的最快速度記錄是190千米每時，幾乎沒有其它的魚類可以打破它們的記錄。
3、營養價值區別：馬林魚和金槍魚都是可以食用的，不過其中含有的營養價值不同。二者相比，還是金槍魚的營養價值更高，其中其中不僅含有非常豐富的蛋白質，而且還有很多人類必需的其它營養元素。
4、魚鰭區別：從外觀來看，馬林魚的魚鰭會更發達一些，而且體積也更大一些。其實，馬林魚就是“旗魚”，背鰭十分發達，它們也是因為背鰭形狀像帆而得名的。
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