羅漢魚可分為六個大品系。第一種是珍珠品系，是市面上比較常見的。第二種是花羅漢品系，是最早培育出來的品種。第三種是金花品系，體型是經過改良的。第四種是馬騮品系，是由原始的羅漢魚雜交培育出來的。第五種是德薩斯品系，外形和普通的羅漢魚不同。第六種是花角品系，魚體中央有一條黑色的線，比較好辨認。
1、珍珠品系：珍珠羅漢魚是市面上比較常見的一種，基因也比較穩定，起頭率也相對高一點。珍珠羅漢魚經過長時間的改良，又培育出很多不同的品種，比如紅鑽羅漢魚、藍鑽羅漢魚、黃金珍珠羅漢魚等，這幾種魚顏色都不相同，但是體型都是差不多的。
2、花羅漢品系：花羅漢魚是羅漢魚的祖先，所以色彩比較單一，一般都是青色，其體型看起來比較像長方形。
3、金花品系：金花羅漢魚最突出的一個特點就是額珠靠前，而且眼睛是藍色或金色，極少數是紅色的。金花羅漢魚經過改良後也有很多品種，但大多數都是顏色不同，體型並無太大變化。
4、馬騮品系：馬騮羅漢魚是通過原始的羅漢魚改良而來的，擁有金花羅漢魚和珍珠羅漢魚的特徵，顏色一般都是前半部分紅色，後半部分黃色。
5、德薩斯品系：德薩斯羅漢魚和其它幾個品種的羅漢魚體型和顏色都不相同，在沒有成年之前身體有青色的斑點，成年之後會變成紅色珍珠斑紋，遊動時會閃閃發光。但是這個品種比較稀有，不太常見。
6、花角品系：花角羅漢魚身體呈長條狀，魚體中間會有一條黑線，一直到尾鰭，魚鱗有金屬光澤。
首先是金花羅漢魚，突出的特點就是額珠前伸，魚體上墨斑比較少，而且顏色較淺。其次是珍珠羅漢魚和馬騮羅漢魚，一個是斑點，一個是細絲，外表不同。最後是德薩斯羅漢魚，額珠比較低，並且身上有紅色的珍珠斑紋。
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