魚缸裡面起的黑色苔一般是褐藻，它對水質有一定的危害，所以需要及時清理。最簡單的清理方法就是人工刮除，把魚兒撈出後，用刮藻刀將其刮掉就可以，不過這種方法治標不治本。想要根除可以養一些食藻魚，或者用除藻劑來將其消滅。平時還要注意預防，不要將魚缸放在向陽處，同時控制餵食。
魚缸裡有黑色苔的話，最好的辦法就是人工清理。將缸內的魚兒撈出，放到別的地方暫養起來，然後用刮藻刀把缸內的藻刮掉，並將其撈出。人工清理的方式雖然方便，但並不能持久，時間長了還是會生長。
如果覺得定期清理太麻煩的話，可以養一些食藻魚，它會不斷的啃食缸內的藻類。常見的食藻魚有青苔鼠、黑線飛狐、小精靈魚、接吻魚等等。需要注意的是，青苔鼠只在幼魚時期會吃藻類，成魚後會對其它魚兒不利，所以要及時撈出。小精靈魚只以藻類為食，所以藻類被消滅後它們很容易死掉。
除藻劑也是常用的清理手段，但要注意控制用量，如果放太多容易造成藥害。通常情況下，除藻劑有兩種，分別是戊二醛和硫酸銅，二者都有不錯的除藻效果，但不能混合使用，不然會導致失效。另外，除藻劑在少量使用的情況下，還能起到預防的功效。
黑色苔不止要清理，同時還要做好預防工作。魚缸最好不要放到向陽處，因為光照是各種藻類生長繁殖的必要條件，而且需要控制餵食量，這樣可以避免水體富營養化，水沒這麼肥了，藻類就不容易生長。
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