寶蓮燈魚的常見病有很多，主要有白點病、水黴病、爛尾病、氣泡病等病，這些疾病通常是由病菌或寄生蟲引起的。想要治療的話，需要定期進行換水，同時還要適當升溫，並往水中加入適量的鹽。如果病情比較嚴重，還可以用具有殺菌、除蟲作用的藥物藥浴，或者將藥物摻入飼料裡面餵給它們。
1、白點病：白點病是熱帶魚的常見病，寶蓮燈魚也不例外，它通常是由小瓜蟲引起的，患病後身體上會長出白點，游泳也不活潑。這種病多發於春秋季，具有極強的傳染性。
2、水黴病：水黴病通常是由於寶蓮燈魚受傷後，真菌入侵傷口所致，傷口處會長出白色的絮狀物，也就是菌絲。其末端會長出孢子囊，釋放孢子傳播到其它魚類的身上。
3、爛尾病：爛尾病是一種由粘球菌引起的疾病，它主要危害寶蓮燈魚的尾巴，會導致其腐爛，從而影響其游泳和平衡，一年四季都會發生，需要及時進行治療。
4、氣泡病：如果水中溶解的氣體太多，寶蓮燈魚就會患上氣泡病，這種病主要危害幼魚，魚鰭上會有氣泡，並且逐漸發紅糜爛，影響魚體的平衡。
寶蓮燈魚的治療方法基本上大同小異。首先要給它換水，通過注入新水可以稀釋水體中的病菌和寄生蟲，避免病情繼續惡化。之後要適當升溫，這樣可以激發魚兒的免疫力，提高它的新陳代謝。最後要加一點鹽，改變水體滲透壓，抑制病菌從水體進入魚的身體內。另外，針對不同的疾病，也可以用相應藥物浸洗治療。
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